Die ersten sportlichen Aktivitäten des heutigen FC Eintracht Cuxhaven liegen bereits im Jahr 1909 mit vielen Fusionen, Auflösungen und Neugründungen. 

Der Fußballclub Eintracht Cuxhaven in seinen Vereinsfarben blau-weiß am Jahnsportplatz feierte seinen größten Erfolg im Fußball 1959 mit dem Aufstieg in die damals zweitklassige Amateurliga Niedersachsen-West. Im April 1989 führten die Vorstände des BROCKESWALDER SPORTVEREIN, CUXHAVENER SPORTVEREIN und EINTRACHT CUXHAVEN erste Gespräche über eine mögliche Fusion. Die Führung der Eintracht setzte sich am stärksten für die Zusammenlegung der drei Vereine ein. 

Am 23. Februar 1990 fand die Gründungsversammlung des neuen Großvereins ROT-WEISS-CUXHAVEN von 1990 e.V. statt. Unser heutiger Ehrenvorsitzender Rudi Heinisch wurde damals als einer von drei Vorsitzenden gewählt. 

Lange hielt diese Fusion nicht an, denn am 17. Februar 2001 gründete Rudi Heinisch erneut den FC Eintracht Cuxhaven 01 im Interesse vieler Eintracht Mitglieder und Anhänger. Sein Zuhause fand der reine Fußballclub auf dem Jahnplatz Sportplatz wieder, heute werden vom FC Eintracht dort zwei Sportplätze (Jahnplatz I und Jahnplatz II) genutzt und stellt den Zuschauerrekord für ein Fußballspiel in Cuxhaven, das Spiel gegen den HSV 1946 mit 6.000 Zuschauern. 

Heute wird der Verein von 270 Mitgliedern gestützt und sportlich kann man viele Erfolge aufweisen. 

Die Jugendarbeit der Blauen erwies sich immer als eine der stärksten in Cuxhaven. Viele Jugendliche in vielen verschiedenen Altersklassen machten in den unterschiedlichen Leistungsklassen auf sich aufmerksam. Das Motto des FCE: „ Fußball für jedermann!“ 

Im Herrenbereich begann man 2001 in der damaligen 4. Kreisklasse neu. Drei sehenswerte Aufstiege in Folge brachten die Mannschaft in die 1. Kreisklasse. Dort hielt sich die Mannschaft vier Jahre auf, ehe der Sprung in die Kreisliga gelang. Im Jahre 2010 gelang der Aufstieg in die Bezirksliga Lüneburg 4 und zwei Jahre später der in die Landesliga Lüneburg.

2018 stieg die Eintracht wieder in die Bezirksliga ab. 

Heute spielt der FC Eintracht Cuxhaven weiterhin sehr erfolgreich in der Bezirksliga, mit gerechtfertigten Ambitionen in die Landesliga zurück zu kehren.